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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
15/09/2021 |
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Data da última atualização: |
15/09/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
MARQUES, H. P. |
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Afiliação: |
HETIENE PEREIRA MARQUES, Universidade Federal de Lavras. |
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Título: |
Panus Lecomtei e Pleurotus Pulmonarius: análise genômica e potencial enzimático dos macrobasidiomicetos aplicados a biomassas lignocelulósicas. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
2021. |
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Páginas: |
79 p. |
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Descrição Física: |
PDF: il. color. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Biotecnologia Vegetal) - Instituto de Ciências Naturais, Universidade Federal de Lavras, Lavras. Título em inglês: Panus Lecomtei and Pleurotus Pulmonarius: genomic and enzymatic potential analysis of macrobasidiomycetes applied to lignocellulosic biomass.
Orientador: Manoel Teixeira Souza Júnior (Embrapa Agroenergia); coorientador: Félix Gonçalves de Siqueira (Embrapa Agroenergia). |
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Conteúdo: |
Resumo: A aplicação de pré-tratamentos biológicos utilizando macrofungos tem sido uma alternativa viável para a obtenção de açucares fermentescíveis a partir da biomassa lignocelulósica devido a facilidade que esses microrganismos possuem naturalmente de biodegradar seletivamente polímeros naturais. Assim, a aplicação destes tem sido estudado a fim de aumentar as possibilidades de utilização da biomassa vegetal agregando valor as biorrefinarias. Estudos envolvendo análises genômicas em macrofungos tem sido empregado com intuito de entender processos e genes envolvidos na biodegradação da lignocelulose. Outro fato, está ligado a preservação das características fenotípicas desses fungos que ainda é pouco explorada para algumas espécies. Assim, nesse trabalho foi montado e anotado o genoma das espécies Panus lecomtei CC40 e Pleurotus pulmonarius EF88 a fim de melhor entender os genes e processos relacionados à biodegradação de biomassas lignocelulósicas. O sequenciamento foi feito com as plataformas ilumina e PacBio. Realizou-se uma montagem hibrida de 49 Mb do genoma de P. lecomtei CC40 com 16,562 genes preditos e 71Mb de tamanho para P. pulmonarius EF88 com 25,367 genes preditos. Em ambas espécies foi possível identificar famílias de proteínas CAZyme, relacionadas a biodegradação de polímeros de celulose, hemicelulose e lignina. Além disso, foram anotadas monooxigenases do citocromo P450, que estão relacionadas a biodegradação de compostos fenólicos e xenobióticos. Em adição, foi feita nesse trabalho a criopreservação de P. lecomtei CC40 para avaliar a viabilidade da produção de lacase, enzima atuante na desconstrução de parede celular vegetal. Como resultado, obteve-se a viabilidade das cepas criopreservadas, principalmente quando reativadas em meios de cultivo BDA e Malte. Além disso, as cepas criopreservadas apresentaram a produção de lacase em fermentação em estado sólido em fibra de prensagem de dendê, o que mostra que o processo de criopreservação não interferiu na atividade da enzima. Abstract: The application of biological pre-treatments using macrofungi has been a viable alternative to obtain fermentable sugars from lignocellulosic biomass due to the facility that these microorganisms naturally have to selectively biodegrade natural polymers. Thus, the application of these has been studied to increase the possibilities of using vegetable biomass adding value as biorefineries. Studies involving genomics in macrofungi have been used to understand the processes and genes involved in the biodegradation of lignocellulose. Another fact is linked to the preservation of the phenotypic characteristics of these fungi, which is still little explored for some species. Thus, in this work, the genome of the species Panus lecomtei CC40 and Pleurotus pulmonarius EF88 was assembled and annotated to better understand the genes and processes related to the biodegradation of lignocellulosic biomass. The sequencing was done with the platforms Illumina and PacBio. A hybrid assembly of 49 Mb of the genome of P. lecomtei CC40 was performed with 16,562 predicted genes and 71 MB in size for P. pulmonarius EF88 with 25,367 predicted genes. In both species, it was possible to identify families of CAZyme proteins, related to the biodegradation of cellulose, hemicellulose, and lignin polymers. Also, cytochrome P450 monooxygenases were noted, which are related to biodegradation of phenolic and xenobiotic compounds. Also, the cryopreservation of P. lecomtei CC40 was performed in this work to assess the viability of the production of laccase, an enzyme active in the deconstruction of plant cell walls. As a result, the viability of the cryopreserved strains was obtained, mainly when reactivated in BDA and Malt culture media. In addition, the cryopreserved strains dissipated the production of laccase in solid-state fermentation in palm oil pressing fiber, which shows that the cryopreservation process did not interfere with the enzyme activity. MenosResumo: A aplicação de pré-tratamentos biológicos utilizando macrofungos tem sido uma alternativa viável para a obtenção de açucares fermentescíveis a partir da biomassa lignocelulósica devido a facilidade que esses microrganismos possuem naturalmente de biodegradar seletivamente polímeros naturais. Assim, a aplicação destes tem sido estudado a fim de aumentar as possibilidades de utilização da biomassa vegetal agregando valor as biorrefinarias. Estudos envolvendo análises genômicas em macrofungos tem sido empregado com intuito de entender processos e genes envolvidos na biodegradação da lignocelulose. Outro fato, está ligado a preservação das características fenotípicas desses fungos que ainda é pouco explorada para algumas espécies. Assim, nesse trabalho foi montado e anotado o genoma das espécies Panus lecomtei CC40 e Pleurotus pulmonarius EF88 a fim de melhor entender os genes e processos relacionados à biodegradação de biomassas lignocelulósicas. O sequenciamento foi feito com as plataformas ilumina e PacBio. Realizou-se uma montagem hibrida de 49 Mb do genoma de P. lecomtei CC40 com 16,562 genes preditos e 71Mb de tamanho para P. pulmonarius EF88 com 25,367 genes preditos. Em ambas espécies foi possível identificar famílias de proteínas CAZyme, relacionadas a biodegradação de polímeros de celulose, hemicelulose e lignina. Além disso, foram anotadas monooxigenases do citocromo P450, que estão relacionadas a biodegradação de compostos fenólicos e xenobióticos. Em adição,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Basidiomycetes; CAZymes; Mudanças fenotípicas; Sequenciamento; Sequencing. |
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Thesagro: |
Basidiomicetos; Biodegradação; Criopreservação. |
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Thesaurus Nal: |
Cryopreservation; Phenotypic variation. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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500 $aTese (Doutorado em Biotecnologia Vegetal) - Instituto de Ciências Naturais, Universidade Federal de Lavras, Lavras. Título em inglês: Panus Lecomtei and Pleurotus Pulmonarius: genomic and enzymatic potential analysis of macrobasidiomycetes applied to lignocellulosic biomass. Orientador: Manoel Teixeira Souza Júnior (Embrapa Agroenergia); coorientador: Félix Gonçalves de Siqueira (Embrapa Agroenergia).
520 $aResumo: A aplicação de pré-tratamentos biológicos utilizando macrofungos tem sido uma alternativa viável para a obtenção de açucares fermentescíveis a partir da biomassa lignocelulósica devido a facilidade que esses microrganismos possuem naturalmente de biodegradar seletivamente polímeros naturais. Assim, a aplicação destes tem sido estudado a fim de aumentar as possibilidades de utilização da biomassa vegetal agregando valor as biorrefinarias. Estudos envolvendo análises genômicas em macrofungos tem sido empregado com intuito de entender processos e genes envolvidos na biodegradação da lignocelulose. Outro fato, está ligado a preservação das características fenotípicas desses fungos que ainda é pouco explorada para algumas espécies. Assim, nesse trabalho foi montado e anotado o genoma das espécies Panus lecomtei CC40 e Pleurotus pulmonarius EF88 a fim de melhor entender os genes e processos relacionados à biodegradação de biomassas lignocelulósicas. O sequenciamento foi feito com as plataformas ilumina e PacBio. Realizou-se uma montagem hibrida de 49 Mb do genoma de P. lecomtei CC40 com 16,562 genes preditos e 71Mb de tamanho para P. pulmonarius EF88 com 25,367 genes preditos. Em ambas espécies foi possível identificar famílias de proteínas CAZyme, relacionadas a biodegradação de polímeros de celulose, hemicelulose e lignina. Além disso, foram anotadas monooxigenases do citocromo P450, que estão relacionadas a biodegradação de compostos fenólicos e xenobióticos. Em adição, foi feita nesse trabalho a criopreservação de P. lecomtei CC40 para avaliar a viabilidade da produção de lacase, enzima atuante na desconstrução de parede celular vegetal. Como resultado, obteve-se a viabilidade das cepas criopreservadas, principalmente quando reativadas em meios de cultivo BDA e Malte. Além disso, as cepas criopreservadas apresentaram a produção de lacase em fermentação em estado sólido em fibra de prensagem de dendê, o que mostra que o processo de criopreservação não interferiu na atividade da enzima. Abstract: The application of biological pre-treatments using macrofungi has been a viable alternative to obtain fermentable sugars from lignocellulosic biomass due to the facility that these microorganisms naturally have to selectively biodegrade natural polymers. Thus, the application of these has been studied to increase the possibilities of using vegetable biomass adding value as biorefineries. Studies involving genomics in macrofungi have been used to understand the processes and genes involved in the biodegradation of lignocellulose. Another fact is linked to the preservation of the phenotypic characteristics of these fungi, which is still little explored for some species. Thus, in this work, the genome of the species Panus lecomtei CC40 and Pleurotus pulmonarius EF88 was assembled and annotated to better understand the genes and processes related to the biodegradation of lignocellulosic biomass. The sequencing was done with the platforms Illumina and PacBio. A hybrid assembly of 49 Mb of the genome of P. lecomtei CC40 was performed with 16,562 predicted genes and 71 MB in size for P. pulmonarius EF88 with 25,367 predicted genes. In both species, it was possible to identify families of CAZyme proteins, related to the biodegradation of cellulose, hemicellulose, and lignin polymers. Also, cytochrome P450 monooxygenases were noted, which are related to biodegradation of phenolic and xenobiotic compounds. Also, the cryopreservation of P. lecomtei CC40 was performed in this work to assess the viability of the production of laccase, an enzyme active in the deconstruction of plant cell walls. As a result, the viability of the cryopreserved strains was obtained, mainly when reactivated in BDA and Malt culture media. In addition, the cryopreserved strains dissipated the production of laccase in solid-state fermentation in palm oil pressing fiber, which shows that the cryopreservation process did not interfere with the enzyme activity.
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650 $aPhenotypic variation
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 76 | |
| 1. |  | COTRIM, G. dos S.; SILVA, D. M. da; GRAÇA. J. P. da; OLIVEIRA JUNIOR, A. de; CASTRO, C. de; ZOCOLO, G. J.; LANNES, L. S.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Glycine max (L.) Merr. (soybean) metabolome responses to potassium availability. Phytochemistry, v. 205, 113472, 2023. 16 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Soja. |
|    |
| 2. | | CAMPO, C. B.; ARIAS, C. A.; LOPES, I. O.; GAZZONI, D. L.; ZOCOLO, G.; GRAÇA, J. P. da; PARPINELLI, R. S.; MORAES, J. S.; COTRIM, G.; SANTOS, G. dos. Integration of Production Systems With Environmental Service of Pollination: The Role of Stink Bugs' Tolerant Soybean Cultivars. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 7-8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 3. | | SOUZA, G. de; NARCISO, R.; MORAES, J. S.; COTRIM, G. dos S.; GRACA, J. P. da; STUBS, R. P.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Níveis de infestação de Euschistus heros em genótipos com características de resistência a insetos: parâmetros de produtividade e indicadores de tolerância. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 16., 2021, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2021. p. 149-156. (Embrapa Soja. Documentos, 440). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Kelly Catharin, editoras técnicas. Acesso aberto.
Open access.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 4. | | PARPINELLI, R. S.; GRAÇA, J. P. da; SILVA, L. M.; MARTINS, R. M.; COTRIM, G.; TOLEDO, V. D.; CAMPO, C. B.; ZOCOLO, G.; GAZZONI, D. L. Monitoring Nectar Sugar in Nectaries During the Day and Night Periods of Soybean Flowers. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | GRAÇA, J. P. da; PARPINELLI, R. S.; COTRIM, G.; TOLEDO, V. D.; GAZZONI, D. L.; ZOCOLO, G.; CAMPO, C. B. Floral Anthocyanins in Soybean Cultivars: Detection and Differentiation by Using Uplc-Hrms Strategies. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 6. | | GRAÇA, J. P. da; PARPINELLI, R. S.; COTRIM, G.; TOLEDO, V. D.; GAZZONI, D. L.; ZOCOLO, G.; CAMPO, C. B. Floral Anthocyanins in Soybean Cultivars: Detection and Differentiation by Using Uplc-Hrms Strategies. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | GAZZONI, D. L.; BARATEIRO, J. V.; SANTOS, P. R.; CAMPO, C. B.; ZOCOLO, G.; GRAÇA, J. P. da; PARPINELLI, R. S. Soybean Yield Does Not Increase Due to Supplemental Pollination on Low Yield Potential Conditions. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 7.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | GAZZONI, D. L.; BARATEIRO, J. V.; CAMPO, C. B.; ZOCOLO, G.; GRAÇA, J. P. da; PARPINELLI, R. S. Supplemental Pollination by Apis mellifera Increased Soybean Yield in Brazil. In: SETAC LATIN AMERICA BIENNIAL MEETING, 14., 2021. Latin America, diversity of knowledge for a sustainable future: abstract book. Pensacola: SETAC, 2021. Virtual. p. 7.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | SILVA, E.; GRAÇA, J. P. da; PORTO, C.; PRADO, R. M. do; NUNES, E. de O.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; MEYER, M. C.; PILAU, E. J. Untargeted metabolomics analysis by UHPLC-MS/MS of soybean plant in a compatible response to Phakopsora pachyrhizi infection. Metabolites, v. 11, n. 3, 179, 2021. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 10. | | SOUZA, G. de; ROCHA, C. A. M.; MORAES, J. S.; COTRIM, G. dos S.; GRAÇA, J. P. da; STUBS, R. P.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Níveis de infestação de Euschistus heros em genótipos com característica de resistência a insetos: parâmetros de produtividade e indicadores de tolerância. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 15., 2020, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2020. 244 p. (Embrapa Soja. Documentos, 429). p. 152-157 (Embrapa Soja. Documentos, 429). Artigo de acesso aberto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | SILVA, E.; GRAÇA, J. P. da; PORTO, C.; PRADO, R. M.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; MEYER, M. C.; NUNES, E. de O.; PILAU, E. J. Unraveling Asian Soybean Rust metabolomics using mass spectrometry and Molecular Networking approach. Scientific Reports, v. 10, n. 138, 2020. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 12. | | PILLA, T. C. S.; SILVA, E.; GRAÇA, J. P.; LUZ, M. A. M.; BAIL, J.; NUNES, E. de O.; SILVA, C. P.; PILAU, E. J.; BONUGLI-SANTOS, R. C.; SEIXAS, C. D. S. Caracterização de um micoparasita de Phakopsora pachyrhizi, agente causal da ferrugem-asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 14., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. 163 p. (Embrapa Soja. Documentos, 415). p. 120-128.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 13. | | PILLA, T. C. S.; SILVA, E.; GRAÇA, J. P.; LUZ, M. A. M.; BAIL, J.; NUNES, E.; SILVA, C. P.; PILAU, E. J.; BONUGLI-SANTOS, R. C.; SEIXAS, C. D. S. Caracterização de um micoparasita de Phakopsora pachyrhizi, agente causal da ferrugem-asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 14., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. 163 p. (Embrapa Soja. Documentos, 415). p. 120-128.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 14. | | GAZOLA, D.; ZUCARELI, C.; RINGENBERG, R.; OLIVEIRA, M. C. N. de; GRAÇA, J. P. da; NUNES, E. de O.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Secondary metabolite contents in different parts of cassava plants infested by Phenacoccus manihoti Matile-Ferrero (Hemiptera: Pseudococcidae). Arthropod-Plant Interactions, v. 13, p. 359-366, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 15. | | SILVA, E.; LEME, L. M.; PORTO, C.; DA GRAÇA, J. P.; FLAUSINO, A. M.; GODOY, C. V.; OLIVEIRA, M. F. de; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NUNES, E. de O.; PILAU, E. J. Metabolomic approach in the phytopathology of Asian soybean rust using techniques based on mass spectrometry, molecular networking and multivariate analysis. In: Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química -RASBQ, 42., Joinville. Livro de Resumos... [S. l.: s. n.], 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 17. | | HOFFMANN-CAMPO, C. B.; MAGALHAES, S. P.; GRACA, J. P.; ZERAIK, M. L.; PARPINELLI, R.; NUNES, E. de O.; GAZZONI, D. L. Volatile compounds of soybean flowers (Glycine max, Merrill) by microextraction at the solid phase combined with gas chromatography coupled to mass spectrometry (SPME-GC-MS). In: Annual Meeting of the International Society of Chemical Ecology - ISCE, 35., 2019, Atlanta. Abstracts... [S. l.: s. n.], 2019. p. 39.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 19. | | HOFFMANN-CAMPO, C. B.; CORREA-FERREIRA, B. S.; ARIAS, C. A. A.; GRAÇA, J. P. da; BUENO, A. de F.; LOPES, I. de O. N. Preferência para oviposição de Euschistus heros (hemiptera: pentatomidae) em genótipos de soja com característica de resistência a percevejos sugadores de sementes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 210-212.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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